Plusieurs siècles avant le début de l'histoire, la guerre de la magie a plongé le monde dans le chaos. La technologie fut réduite à néant et la magie cessa d'exister. 1000 ans après, toutes les grandes invention ont été redécouverte, et par la même occasion les armes... Malgré les atrocités du passé, certaines personnes avide de pouvoir veulent retrouver la force destructrice appelée aujourd'hui "Magi" dans le but de dominer le monde. Lorsque l'aventure débute, des soldats de l'Empire sont sur le point de mettre la main sur un Esper, sorte de divinité, conservée intacte dans la glace depuis 1000 ans. Avec eux, on trouve une mystérieuse magicienne commandée par l'Empire nommée Terra. Lorsqu'ils arrivent à proximité de l'Esper, une étrange réaction se produit entre celui-ci et Terra. Inconsciente, Terra se réveille complètement amnésique dans une habitation de la ville de Narshe. L'aventure commence lorsque les soldats de l'Empire essaient de la capturer. En prenant la fuite, elle fait le rencontre de Locke, chasseur de trésors qui va l'aider à découvrir la vérité sur ses origines...